年齢と伴にホルモン値が下がってきますと、内膜症も進みが遅くなります。しかし、ご指摘のように骨粗しょう症などは進む可能性があります。
両方とも女性ホルモンの観点から見れば、内膜症が進まない程度のホルモン補充を慎重にやっていく、というのがよろしいかと思います。
しかし、双方ともが女性ホルモンだけを媒体としているわけではありませんので、特に骨粗しょう症は適度な運動や、カルシュウム、マグネシュウム、ビタミンDなどの摂取によって予防できますので、分けて考えても良いかもしれません。
まずは婦人科でご相談していただくことをお勧めいたします。