「濃くなってほくろのような形・色になっていくものも」とありますが、
「しみ・そばかす」がホクロになることは無いので、
皮下にあった母斑細胞が増殖して母斑細胞性母斑（ホクロ）
として表皮部位まで出てきたのかもしれません。
「フォトフェイシャル」は真皮浅層および表皮の新陳代謝を促す治療なので、
「しみ・そばかす」も薄くなるはずですし、
「ほくろ」だとすれば瘡蓋になって剥がれれば薄くはなるはずで、
色素斑が何でであれ「全く効果が」無いことは無いのが通常です。
色素斑の種類、部位はどこか、
肌色や肌質などで適応になる治療が違うので、
診察をしなければ具体的なアドバイスができません。
美容皮膚科を幾つか受診して、
診断と治療方針をお訊きになっては如何でしょう。
勧められる治療方法や治療方針は各医療機関で違うでしょうから、
説明を充分に理解して、信頼できるとお感じになった医師の元で
ご自身が納得する治療を受けてください。